Sloten en greppels moesten de woonplaats ontwateren. Een belangrijke ingreep in de waterhuishouding was het graven van de Kortegracht en de Langegracht, hetgeen kort na 1200 heeft plaatsgevonden. Het water dat vanuit het oosten en zuiden het lagere gebied instroomde, hoefde niet meer alleen via de meanderende Eem het gebied te verlaten; het kon nu directer richting Zuiderzee worden afgevoerd. Een tweede voordeel van de gracht was wellicht dat deze als verdediging van de prille stedelijke nederzetting kon dienen.  In de oorkonde van Amersfoort omschreven als een oppidum. Dit spreekt voor enige mate van versterking: mogelijk een aarden wal aan de Kortegracht en Langegracht.

Onderdeel van de verdediging zijn de ten opzichte van elkaar verschoven straatjes en bruggetjes, zodat er voor de verdediger altijd voldoende dekking en schootsveld is.