Het hoogste bestuursorgaan was de Raad van State (1531 Karel V). De machtspoliticus Van Oldenbarnevelt zocht voortdurend het centrum van de macht. Formeel was een landsadvocaat van de Staten van Holland alleen een woordvoerder, maar Van Oldenbarnevelt wist die functie meer inhoud te geven. Zelfs zodanig dat alle besluiten en uitgaande stukken via hem moesten lopen. Hij zorgde ervoor dat niet de Raad van State, maar de Staten-Generaal het hoogste bestuursorgaan werd. Hij had voor Holland zitting in de Staten-Generaal en op die manier kon hij zijn macht en invloed verder uitbreiden. Omdat Holland de belangrijkste autonome provincie was die ook het meest betaalde kon hij steeds meer macht naar zich toetrekken, zelfs ten koste van de andere provincies. Dat hij op een gegeven ogenblik bij prins Maurits uit de gratie raakte, kwam omdat hij niet wilde dat de macht bij een ‘erfelijk’ staatshoofd kwam te liggen. Prins Maurits en andere leden van zijn familie dachten terecht dat ze in tijd van vrede een minder belangrijke rol konden spelen dan in tijd van oorlog. De leden van de Raad van Staten zagen hun macht door de parvenu Van Oldenbarnevelt beknot. Daarbij kwam dat de predikanten die herleving van het katholicisme vreesden.